看到国内的参考文献管理软件NoteExpress介绍及与EndNote Web的对比，自己再做了与Zotero 2.0 beta的对比，总体上还是推荐Zotero。理由：
1、免费。有免费好用的，为什么要花钱？即使花公家的钱，也不愿意。
2、不受IP限制。EndNote Web是购数据库时附赠的，貌似也不花钱，但在校园网外使用要通过VPN认证。哪有这么麻烦的？
3、网络同步。脱机使用时，Zotero相当于桌面软件。在网上注册后，联机即可同步收藏，对于单位、家里使用不同电脑的人，能保证各台电脑上都是相同的完整收藏。这点是桌面软件无法企及的。
4、社会性功能。在线登录后，可以创建、加入小组，小组成员添加的条目联网后自动同步到本地，感兴趣的条目可以拖动到自己的收藏中。特别适合于协同研究者。
5、收藏：
支持图书、期刊、广播、博客帖子、词条等数十种不同的文献类型。
可以通过检索ISBN、DOI、PMID导入数据。ISBN估计查的是WorldCat，结果正确，但没有汉字、只有拼音。
外文数据库（如EBSCO）可选中多条一键收藏。
中文收藏是Zotero的软肋，对CNKI之类的中文库支持不足，不能识别大多数信息，只能手动复制、粘贴到相应字段中。
6、管理：
收藏条目可以写笔记（便笺）、加标签、添附件，在条目间做关联（相关条目）。从外文数据库（如EBSCO）下载时，关键词等直接作为标签添加。
收藏条目可多重入类（“我的收藏”下的不同子库），用NoteExpress的术语就是具有“虚拟文件夹”功能。
7、检索：
可以通过标签定位。
支持所有收藏信息的全文检索，包括汉字，这点优于EndNote Web。
8、写作：支持Word写作、插入中外文参考文献，支持通行的参考文献样式。虽然列出的参考文献样式没有中文的，但试了一下，期刊格式选择Chicago Manual of Style的话，看上去好象和我们国家的标准差不多（其他格式未试）。
9、支持记录导入、导出（单条/多条、分类及全部）。导入导出很重要，现在各家也都有。
总之Zotero很方便，用起来也顺手。如果能改善中文条目的识别，就完美了。
需要注意的是：1、Zotero为Firefox插件，使用IE没有此功能；3、Zotero2.0才有 [update: 1.5开始有] 网络同步功能。
[update]
Sogg留言介绍的识别中文的Zotero translator，用JavaScript语言写成：
支持豆瓣的zotero的translator (2009/02/19)
支持CNKI的Zotero的translator (2009/02/19) [似乎CNKI改版，现不能正常使用]
另：也可以用Citation Style Language (CSL) 添加中文参考文献样式。
Zotero介绍参见：
推荐新一代免费的文献管理工具ZOTERO！可以丢掉endnote了 (2008-1-26)
在线研究：Zotero进入云时代 (2009年02月24日)
到2.0的Zotero:讓小組研究更簡單 (2009年05月17日)